शल्य तंत्र आयुर्वेद की महत्वपूर्ण शाखाओं में से एक है, जिसमें विभिन्न रोगों के प्रबंधन के लिए शल्य चिकित्सा और पैरासर्जिकल तकनीकों का वर्णन किया गया है। इसमें शरीर या मन को पीड़ा या दुख पहुँचाने वाले कारकों को दूर करने के उद्देश्य से की जाने वाली सभी प्रक्रियाएँ शामिल हैं। अनुशास्त्र कर्म का तात्पर्य शल्य चिकित्सा उपकरणों की अनुपस्थिति में गैर-शल्य चिकित्सा वस्तुओं या उपकरणों का उपयोग करके की जाने वाली शल्य चिकित्सा प्रक्रियाओं से है। आयुर्वेद में कई अनुशास्त्र कर्म हैं, जिनमें क्षारकर्म, अग्निकर्म, जलौकावचारण और क्षारसूत्र सबसे महत्वपूर्ण हैं।
क्षार कर्म: क्षार विभिन्न पौधों की राख से प्राप्त औषधि है। इसे शास्त्रों और अनुशासकों में सर्वश्रेष्ठ माना जाता है। क्षार दो प्रकार के होते हैं: पनिया क्षार, जिसे आंतरिक रूप से लिया जाता है, और प्रतिसारनिया क्षार, जिसका उपयोग मुख्य रूप से घाव के उपचार में किया जाता है। इसका उपयोग मुख्य रूप से घावों के शोधन (क्षय) और अर्श (बवासीर) और गुदा भ्रम (मलाशय आगे को बढ़ाव) जैसे विभिन्न गुदा विकारों के उपचार में किया जाता है। क्षार एक प्रकार के रासायनिक दाग़ने के माध्यम से बवासीर को कम करता है और सिकोड़ता है।
अग्निकर्म: अग्नि कर्म सभी आचार्यों द्वारा वर्णित दूसरा सबसे महत्वपूर्ण अनुशासित कर्म है। जब आयुर्वेद में चिकित्सा, शल्य चिकित्सा और अन्य पैरासर्जिकल प्रक्रियाएं विफल हो जाती हैं, तो अग्निकर्म रोग को जड़ से ठीक कर देता है। अग्नि कर्म से उपचारित रोग दोबारा नहीं होते। अग्नि कर्म में विभिन्न उपकरणों का उपयोग करके निर्धारित क्षेत्र पर सीधे गर्मी लागू करना शामिल है, यह इस बात पर निर्भर करता है कि रोग त्वचा, मांसपेशियों के ऊतकों या वाहिकाओं, टेंडन और हड्डी के जोड़ों में स्थित है या नहीं।
जलौकावचारणा (जोंक चिकित्सा): आयुर्वेद शरीर में रक्त की भूमिका, रक्त विकार से होने वाली बीमारियों और उनके उपचार पर जोर देता है। मुख्य चिकित्सीय सिद्धांत रक्तपात (रक्तमोक्षण) है, जिसे विभिन्न तरीकों से किया जा सकता है। रक्तमोक्षण के दो तरीके हैं: शास्त्रकृत और अशास्त्रकृत। शास्त्रकृत आगे सिरवेध और प्रच्छना में विभाजित है, जबकि अशास्त्रकृत में श्रृंग, जलौका, अलबु और घाती शामिल हैं। रक्तमोक्षण के सभी तरीकों में, जोंक चिकित्सा (जलाकावचारण) और शिराच्छेदन (सिरावेध) सबसे लोकप्रिय हैं। जलौकावचारण आमतौर पर घाव के बढ़ने के शुरुआती चरण में लगाया जाता है। रक्तमोक्षण दर्द को कम करता है और समय से पहले होने वाली सूजन को दबाता है।

